与常规农业一样，生态农业也是一种农业生产模式，且生态农业强调转换期，可以通过转换来恢复农业生态系统的活力，降低土壤的农残含量，首先要有一个非常清洁的生产环境，原则上所有能进行常规农业生产的地方都能进行绿色农产品基地建设。为了确保所选择基地符合生态农业生产基本条件，在选择基地时，必须首先按照《农田灌溉水质标准》（GB 5084-92）和《土壤环境质量标准》（GB 15618-1995）检测灌溉用水和田块土壤质量，要达到相应种植作物的标准，水质至少要达到二级标准。在周围存在潜在的大气污染源的情况下，要按照《保护农作物的大气污染物最高允许浓度》（GB 9137-88）对大气质量进行监测。
生态农业生产基地的选择要充分考虑相邻田块和周边环境对基地产生的潜在影响，应当选择环境污染较少的地方建立生态农业生产基地，确保在其周边2000～3000米的范围内无污染源；选毒源、病虫源少的地方建立生态农业生产基地；在邻近农药厂、化工厂、医疗单位的地方，不能建生态农业生产基地；选择交通便利、受交通工具污染较少的地方建设生态农业生产基地，这是因为绿色农产品种植面积较大，数量较多，需通过运输远销国内外，必须有良好的交通条件。
2.基地规划
因地制宜地搞好生态农业生产基地规划，是生态农业产业化过程中一项非常重要的工作。在制订规划时：第一，应当对生态农业生产基地进行调查，了解当地的农业生产、气候条件、资源状况以及社会经济条件，明确在当地生产绿色农产品所可能遇到的问题；第二，在规划整体设计上要以生态工程原理为指导，参照我国生态农业中成功的模式，在掌握生态农业生产基地基本状况的基础上，为生态农业生产基地制订具体的发展规划；第三，在具体细节上要依据生态农业的原则和绿色农产品生产标准的要求，制订出一套详细的有关生产技术和生产管理的计划，有针对性地提出解决绿色农产品生产过程中土壤培肥和病虫草害防治等重要问题的方案；第四，要规划建立起从土地到餐桌的全过程质量控制模式，从技术和管理层面上保障绿色农产品的正常生产；第五，要规划生态农业产业化基地的运作形式和保障机制。运作形式包括公司加农户、公司反租倒包农民土地、公司租赁经营、农民以协会或合作社的形式组织生产等，保障机制则包括生态农业生产基地建设过程中的组织领导、资金投入等问题。
3.人员培训
生态农业是知识与技术密集型的农业，生态农业生产基地建设牵涉的技术面更广，因此使生态农业技术人员与生产人员了解并掌握生态农业的生产原理与生产技术，掌握生态农业生产基地建设的原理与方法，是确保生态农业生产基地顺利建设的关键。因此，在生态农业生产基地建设过程中，必须由生态农业种植、养殖等相关领域的专家对相关的技术人员、生产人员进行以下几方面内容的培训：生态农业与绿色农产品的基础知识；绿色农产品生产、加工标准；生态农业生产的关键技术，农业作物的栽培技术，畜禽的养殖技术；绿色农产品国内外发展状况；绿色农产品认证的要求；绿色农产品的营销策略；等等。只有当生态农业生产基地的技术人员和生产人员真正具备了绿色农产品生产的意识，并掌握了相应的技术后，生态农业生产基地建设才能顺利进行。实践经验表明，当他们能够摆脱常规生产的思路，用绿色农业的原理与技术方法来指导生产行为时，生态农业生产基地的成功转换就为期不远了。
4.制订绿色农产品生产技术方案
创新供给方式，创造绿色需求，就是在制订绿色农产品生产技术方案时，强调利用生态自然的方法进行生产，禁止滥用人工合成的农用化学投入品。因此，生态农业生产基地的生产运行不是在问题出现之后去试图解决问题，而是要在问题出现之前就能够预防问题。例如，对于作物的病虫害，要用健康栽培的方法进行预防，再辅之以适当的生物、物理的方法进行综合防治。这就要求在作物种植之前就制订出绿色农产品生产方案，并预测生产基地中所种植作物在生长过程中可能出现的病虫害，以便提出相应的防治对策。
5.绿色农产品的生产认证与销售
生态农业生产基地开始绿色农产品生产转换后，应及早向绿色食品发展中心和绿色有机食品认证中心申请绿色农产品生产的检查与认证，做好接受检查的各项工作，使生态农业生产基地能够顺利地通过检查并获得绿色农产品生产证书。
绿色农产品获得认证后，其证书就是进入国内外绿色农产品市场的通行证。但有了证书并不意味着农产品销售就没有问题，也并不保证所生产的农产品就一定能够以高于常规农产品的价格出售。相反，有些生态农业生产基地拿到生产证书后，往往存在“重证书申报、轻管理利用”的问题，或者不知到底应如何发挥证书的价值，以致不能实现预期的目的。为了顺利地出售生产基地所生产的绿色农产品，首先需要在生产的同时制订一个切实可行的销售方案，而不要等农产品收获后才开始寻找市场，处于被动状态。