1、用地问题突出。
一是非农用地指标紧张、供给不足。国土部门要求农用地转工业用地必须采取“招拍挂”（招标拍卖挂牌方式）公开确定土地价格和土地使用权人，这直接造成土地使用审批手续难、环节多、耗时长、费用高。
二是当前工业用地的标准界定范围过宽。除养殖房被列为农业用地，地面硬化、工厂化种植、设施农业、收购储存农户农产品的仓库、厂房、修路等均被视为工业用地和建设用地，而农业经营主体在建设加工厂房、饲料房、农产品收购站点、仓库、冷库、餐馆等必备设施时，审批手续难、申请费用高。
此外技改、扩建、搬迁征地时用地难，土地使用证办理更难。
2、融资难度大。目前一些省份已经开展农业用地抵押贷款试点，取得一些成效，但是全国范围内农业用地还是无法抵押：
一是土地确权工作尚处于起步阶段，我国的农村土地权利实行登记生效主义，要实现土地融资功能，以法律文件形式确定权属关系是基本前提。
二是现有法律规范框架下，农村土地承包经营权、农民住房财产权、农村经营性建设用地使用权“三权”抵押一直受到严格限制。
三是配套制度不健全。实践中部分土地确权已经完成的土地抵押试点地区，由于尚未建立构建土地分等级评估制度，缺乏合格的农村土地和房屋评估中介机构，无法科学对农村土地价值进行评估。
四是市场化的土地流转机制尚未建立，金融机构通过行使抵押权获得土地后，难以变现处置。造成具备土地抵押条件的农业经营主体，银行授信额度小，放贷比例低（一般在固定资产总值的20%-30%），贷款期限短，无法满足实际需求。
3、税费优惠政策落实不力。中央和地方出台了涉农税收优惠政策，但具体分解落实相应配套政策时还存在不到位现象。例如农产品专业市场收费中的卫生费和水电费均属于代收的经营成本，而税务部门均按营业收入计征所得税。一些税收从严征管的地区，无法享受农业税费优惠政策，例如大多数的休闲农业是按照工商企业标准来缴纳营业税，农民自有的宅基地住房发展农家乐也要缴纳土地使用税和房产税。
此外，还需缴纳各种教育费附加、文化建设事业费、水利建设基金、残疾人就业保障金等等地方费。
4、农村公共品供给不足。已有的大部分涉农财政项目投资比较分散尚未形成促进一、二、三产业融合发展合力。农村基础设施和公共服务发展滞后，二三产业的配套支撑不足。硬件上，农村水、电、路、通讯网络落后，乡村道路大多狭窄，经营者需要投资建设变电站、修路，大多数的经营者缺乏投资能力与积极性。
大部分农村不具备污水和垃圾处理能力，随着二三产业发展，污水等生活垃圾倍增，特别是不可降解垃圾，将破坏农村自然生态环境。农村当地人才培育、文化挖掘与传承等方面财政投入相对较少。
5、用水用电未享受优惠。中央和地方政府对于涉农行业用电用水均有优惠政策，例如2014年中央1号文件规定“涉农企业或合作社可以享有用水用电优惠”，但实践中涉农企业用电同一般企业或工业企业相比，并没有享受到优惠，特别是果品流通企业的冷库用电、设施农业用电用水均没有优惠政策。