一、池塘内循环
池塘内循环生态养殖系统将池塘养殖传统的散养模式变圈养模式。池塘循环系统主要由养殖水槽、推水装置、投料装置、增氧装置、集污及排污装置、挡水墙、养水区、推水设备等组成，该系统的最大特别就是能有效控制养殖鱼类排泄粪便的范围，并能有效地收集这些鱼类的排泄物和剩余饲料，通过沉淀脱水处理后，再变为陆生植物的高效有机肥，既有效减少了水体污染，同时也提高了废弃物的利用率。
二、内封闭循环养殖模式
泰国虾农Arunsopha的内封闭循环养殖模式，其系统由四种不同类型池塘配合在一起工作。第一种类型池塘用于养虾，池塘配有增氧机和集污系统，养殖污水流经第二种类型池塘，该池塘饲养有罗非鱼，罗非鱼用于处理虾池的残饵等有机物，并净化水质。然后，罗非鱼会进入第三种类型的池塘，该类池塘中饲养有尖吻鲈或鲈鱼，用以控制罗非鱼的种群数量。该池塘的水会通过落差进入第四类池塘，在添加了矿物质和营养物质并进一步净化后返回到养虾池。
三、水产养殖仿生学系统
水产养殖仿生学的重点在于让池塘水体模拟自然的河口条件，利用浮游动物大量增殖作为养殖虾类的营养补充并且有益菌可以调节水质。一般的操作是前期用发酵好的米糠等泼水培养桡足类，同时投喂发酵豆粕、花生麸等，全程不使用商业饲料。定期在池底缓慢拉动链条或绳索防止生物膜的形成，同时可以释放底泥营养，起到改底、调水、培养浮游动物的作用。
四、生物絮团技术
生物絮团技术（BioflocTechnology,BFT）是借鉴城市污水处理中的活性污泥技术，通过人为向养殖水体中添加有机碳物质(如糖蜜、葡萄糖等)，调节水体中的碳氮比(C/N)，提高水体中异养细菌的数量，利用微生物同化无机氮，将水体中的氨氮等含氮化合物转化成菌体蛋白，形成可被滤食性养殖对象直接摄食的生物絮凝体，能够解决养殖水体中腐屑和饲料滞留问题，实现饵料的再利用，起到净化水质、减少换水量、节省饲料、提高养殖对象存活率及增加产量等作用的一项技术。
五、离岸深海网箱养殖
由于近岸养殖易受人类活动，特别是陆源污染的影响，海水养殖与生态环境问题、食物安全问题的关系日益密切。因此，除了研究推广多营养层次综合养殖模式与技术外，发展离岸深海养殖技术已成为国际公认的海水养殖新方向与趋势。目前国际上深水养殖技术的研发主要聚焦于鱼类网箱和养鱼平台方面，关于深水抗风浪筏式生态养殖技术研究则很少。简单来说，就是把大海当成一个很大的水净化池了。
六、红树林-水产养殖藕合模式
通过在海边种植海桑、秋茄和桐花树等3种红树植物，能有效降低养殖水体中的N、P含量，减轻废水排放造成的环境污染。红树林恢复后在其水域生态放养斑节对虾或南美白对虾，养成后以有机虾的名号出售，获得不错的收益。
七、生态湿地
生态湿地的技术就是使用人工湿地生态环境净化池通过水循环来净化部分养殖排水水质，实现养殖废水对环境零排放。通过在水体中种植水生植物，从而吸收水体中的营养物质，为水中营养物质提供了输出的渠道。同时还能提高水体溶解氧，为其它物种提供或改善生存条件。水生植物除了直接吸收、固定、分解污染物外，还通过对土壤中细菌、真菌等微生物的调控来进行环境的修复。
八、鱼菜共生
在鱼菜共生系统中，水产养殖的水被输送到水耕栽培系统，由微生物细菌将水中的氨氮分解成亚硝酸盐和硝酸碱，进而被植物作为营养吸收利用。由于水耕和水产养殖技术是鱼菜共生技术的基石，鱼菜共生可以通过组合不同模式的水耕和水产养殖技术而产生多种类型的系统。
九、高位池封闭式循环水养殖
高位池封闭式循环水养殖就是通过四周增设的增氧机不断运转，使塘水产生水平环流，残渣产生“水力聚污”现象，并向中央底部聚集，再由中央排污管和水泵将池塘底部污水抽到池边宽十多米的水槽里，利用浅层沉淀原理分离水中悬浮有机物，停留2040分钟后，固液自然分离。溢出水槽的水，水层厚度小于0.3毫米，经过3060度坡度的池壁斜面，利用薄水层自然光化学催化氧化原理脱氮解毒，最后返回池里。
十、浮动湿地和浮岛
浮动湿地和浮岛很容易理解，通过在浮床上种植植物，以减少水体的污染，增加水的透明度，去除营养物质、悬浮固体和重金属。此方法适用于水产养殖、湖泊、水道、池塘、水坝和其他淡水体，当然海水同样也是适用的，不过要找到适合海水环境下生长的植物。