种植中药材不会出现生态环境问题，只能说，破坏生态环境会导致种植中药材的品种下降。
中药资源破坏严重，野生资源量锐减，面对生态环境恶化，中药材需求日益增加（世界各国对天然植物药的需求每年呈两位数增长，预计未来10年的需求量将翻3番），给我国自然环境和资源造成巨大压力。而我国中药资源的现状不清，1983年的全国中药资源普查迄今己相隔20多年。在这期间经历了计划经济向市场经济的转变，中药材生产收购统计工作长期中断，生产经营处于自发无序状态，己造成实际上严重的家底不清。从而出现了不少无序自发生产与盲目发展等问题。
从生产形态上看，中药农业基本上还是以千家万户经营为主，规范化、集约化程度较低，落后的生产方式影响了中药农业的技术进步。上已提及，中药材规范化种植与GAP生产基地建设的目的，在于稳定中药材的质量和产量，旨在切实加强中药材生产全过程的生产质量管理与可追溯性，达到药材质量的安全、有效、稳定与可控，实现“药材好，药才好”目的。而我国中药材生产技术与管理均落后于农业，培育中药材生产龙头企业与种植大户还不够，还未真正形成中药农业的特色与产业优势。中药材质量标准不少还停留在外观检测水平，药材质量还难以达到优质高产与稳定可控。中药材重金属含量、农药残留超标问题有的也甚突出。业内外人士己不禁发出感叹：“中医不灵”之根源在于“中药不灵”。这些都是影响中药现代化和中药产业发展的“瓶颈”。
