种子种苗产业包括种子的生产、销售和使用全过程。在这个过程中，种子种苗的生产是基础，它决定了种子种苗销售的内容和种子种苗使用的结果；种子种苗的销售是种子种苗流通的主要环节；种子种苗使用水平的高低又直接影响着种子种苗潜力的发挥。而目前我国药材种子种苗产业在这些方面还存在着许多问题，产业化程度很低。
1.一些大宗药材的栽培品种，多数也存在着几种类型的混杂、退化问题。如全国山栀子品种存在6种类型，川麦冬是由三种类型组成的混杂群体，全国各地生产的薏苡也有很多品种等。
2.中药材的科研育种工作薄弱，选育出的优良品种很少。这与药材栽培、引种的历史较短有关，同时大多数药用植物都是多年生植物，选育品种又得兼顾药用有效成分、外观等因素，给育种工作带来很大难度。
3.大多数药材种子种苗的生产仍处于半原始的自然采集状态，种子的生产无良种生产基地和严格的制种技术实施。种子生产只是药材生产中的一种副产品。
4.药材种子基本无精选、包衣等规格包装和加工；销售也非常混乱，假劣种子屡见不鲜，虚假广告和信息遍地都是：管理又很不得力，无专门的药材种子质量标准和种子质量监督、检验和管理机构等。
总之，在种子产业化包含的五大部分中，药材种子仅在良种引育、生产繁育方面作了一点工作，其他方面还很少涉及，药材种子的产业化程度还很低。
药材种子种苗存在的问题已引起了国家有关部门的高度重视，国家“七五”和“八五”攻关项目“常用中药材品种整理和质量研究”经过数次地方及全国规模的中草药资源普查，使得目前大多数中药材品种特别是常用中药材品种的来源在学术上已基本得到澄清；但在实际应用中还存在诸多问题。针对目前药材种子存在的问题，国家中医药管理局已于1998年设立项目——在中国医学科学院药用植物研究所建立常用中药材原种场；1999年国家自然科学基金项目又设立“大宗常用中药材种质资源的优化”项目研究。“九五”期间，国家组织的“优质中药材规范化生产技术体系的建立”，即“研究建立符合GAP的中药材种植规范”项目，首先要解决的问题就是“种子和繁殖材料应符合有关纯度和发芽率的要求或标准”。“十五”期间，国家科技部又设立“中药材种子质量标准”的研究。
这将大大促进中药材优良品种选育的发展；一些有远见、有经济实力的企业也开始和科研单位结合，发挥各自的优势，从事药材优良品种的选育和生产，也有利于实现种子育、繁、推一体化，实现药材种子的良种化。