概括起来，当前甜瓜嫁接栽培中存在的问题主要有以下几点：（1）尚缺乏综合性状优良的砧木甜瓜是以成熟果为产品，果实的商品性状受砧木的品种特性影响很大。目前生产上适合甜瓜（特别是厚皮甜瓜）嫁接育苗的砧木主要有南瓜砧和野生甜瓜、杂交甜瓜砧。南瓜砧高抗甜瓜枯萎病，但对甜瓜果实的品质往往存在着这样或那样的不良影响（常见的有引起果实畸形、降低含糖量、异味等），不仅影响了嫁接甜瓜的价格提升，而且也给人们造成了嫁接甜瓜品质不好的印象。甜瓜砧能够较好地保持嫁接甜瓜的果实品质，但自身的抗病能力却不及南瓜砧木，耐连作能力差，在发病严重的地块上应用效果较差。（2）尚缺乏对甜瓜品种适应性广泛的砧木品种按瓜皮和果肉厚度不同，通常把甜瓜分为厚皮甜瓜与薄皮甜瓜两种。厚皮甜瓜不耐高湿，需充足的光照和较大的昼夜温差，主要包括网纹甜瓜、冬甜瓜、硬皮甜瓜，其中以网纹甜瓜较为高档，栽培难度也比较大，对嫁接用砧木类型的要求极为严格。薄皮甜瓜较耐高温，在日照较少，温差较小地方也能正常生长，适应性强，抗病性也较厚皮甜瓜强，对砧木品种类型的要求不甚严格。由于受不同甜瓜品种类型特性的限制，目前尚缺乏对甜瓜品种适应性广泛的砧木品种，特别是对厚皮甜瓜适应性优良的砧木品种。（3）甜瓜嫁接用砧购买困难由于受我国当前甜瓜生产规模偏小现状的限制，甜瓜砧木的选育与优良砧木的生产供应方面尚存在许多问题，不仅砧木选育工作落后于生产需要，而且在砧木品种的供应上，也远不如西瓜、黄瓜砧木的供应点多，以致许多地方的瓜农无法买到适宜的嫁接用砧，有的瓜农只好用黄瓜嫁接用砧（黑籽南瓜）代替甜瓜砧木，影响生产效果。（4）尚缺乏与嫁接栽培相适应的配套生产措施我国甜瓜嫁接栽培的规模不大，嫁接技术的应用范围也不如黄瓜和西瓜广泛，因此在嫁接栽培技术的研究上也较为落后，主要照搬国外的一些生产经验，缺乏适合国内生产条件下的配套生产措施。
