壳寡糖应用于农业上，有调控植物生长发育、激活植物防御反应、杀菌防病等功能，可以提高作物产量、品质，并提高作物抗病性。随着对甲壳素类物质研究的不断深入，其在农业上的应用日渐兴起。近些年，科研人员对壳寡糖进行了一些研究；这些研究表明，壳寡糖能提高多种作物的抗病性，并有助于提高抗寒能力、叶绿素含量、光合速率等，还具有促进生长、控制徒长等作用。根据生产实际与研究现状，将壳寡糖在蔬菜生产上的应用总结如下：
浸种
使用0.15%～0.3%的壳寡糖浸种，可以提高种子的发芽率、发芽整齐度，还可以提高幼苗抗病能力，促进幼苗生长与生根，并且具有用量低、成本低廉、无毒副作用的特点。
叶面肥
叶片喷施浓度为30～60mg/kg的壳寡糖溶液，定植后每7～10ｄ喷施１次，注意主要喷在叶片的背面，这样更容易被吸收；做到全株喷施。设施栽培时，可以在上午露水干之后、温度25℃以前，或在16:00、温度降至28℃以后，但要保证叶片上的液体在天黑前能干。露地栽培时，应在晴天无风的傍晚喷施。叶面喷施适宜浓度的壳寡糖，可以提高叶片叶绿素含量，提高植株干物质重，增加产量，并可以提高产品品质、增强产品耐贮性。另外，壳寡糖可以使植物细胞壁变厚或是木质化程度增强；可迅速活化细胞，短时间内诱导植物自身产生多种抗病物质，例如植保素等，诱导一系列防御反应，提高植物抗病能力和抵御不良环境条件的能力。幼苗时喷施可以提高叶片叶绿素、可溶性蛋白质、 可溶性糖含量，POD、CAT活性等，并可以提高幼苗抗病抗逆能力，提高幼苗品质。
土壤改良剂
壳寡糖能改善土壤团粒结构，改善土壤的理化性质，增强土壤透气性与保水保肥能力；能有效地促进根系细胞的分生，促使根毛的大量发生，使根系更发达，吸收力与抗旱能力更强；提高蔬菜根系对水分养分的吸收利用，提高养分的利用率。壳寡糖能使土壤中的化学养分处于有效活化状态，相当于提高了土壤肥力，从而可以减少对化肥的使用。另外，冲施壳寡糖还能增强植株抗病抗逆能力。随冲施肥一起使用时，壳寡糖每次用量在200～800g/667m2；约20～30d使用１次即可。实际生产表明，冲施壳寡糖可提高黄瓜、甜瓜、番茄、辣椒、茄子、葡萄等作物的产量与品质；平均增产约8%以上，并可以大大提高品质，使产品更耐贮藏，另外，还能提高作物的抗病能力、促进植株生长。另外，冲施壳寡糖可以减轻线虫危害。
杀菌剂
壳寡糖可以抑制植物病原菌孢子的萌发和生长，对其具有阻碍的作用，可以有效地防治病原菌感染，减少病虫害的侵染。研究与生产实践表明，壳寡糖具有广谱抑菌活性并对人畜无毒害。壳寡糖不但可以直接杀灭病原菌，还可间接提高植物的抗病能力。已经证明壳寡糖对番茄早疫病、番茄晚疫病、番茄灰霉病、黄瓜白粉病等均有很好的预防与治疗效果。生产上已经开发了一些壳寡糖类（氨基寡糖素）的杀菌，应用效果良好，且绿色安全无毒，是一类真正的绿色农药。
植物生长调节剂
壳寡糖可以作为良好的植物生长调节剂使用。当壳寡糖浓度为20～100mg/kg时，一般可以促进植株生长，提高产量；延缓植株衰老，延长采收期；提高抗寒抗旱能力；缓解肥害药害；恢复低温造成的伤害。当壳寡糖浓度超过200mg/kg时，有矮化植株的作用，可以用其来控制植株旺长。因此，壳寡糖是一种良好植物生长调节剂。
保鲜剂
在蔬菜生长期叶面喷施或随水冲施壳寡糖，可以提高产品耐贮性，另外，在收获后的产品上喷施浓度为1.5%的壳寡糖或用其溶液浸泡后，可以提高蔬菜产品的保鲜期.
抗病毒
研究表明50～75mg/kg的壳寡糖溶液可以有效钝化烟草花叶病毒。生产实践表明，50～100mg/kg的壳寡糖对花叶病毒、蕨叶病毒、蔟叶病毒、番茄黄化曲叶病毒、条斑病毒均有良好预防作用。
具有一定的杀虫活性
50～100mg/kg壳寡糖可以延长杀虫剂的持效时间。使用时可以与杀虫剂混合喷施，这样既可增强杀虫剂药效，又可以当作叶面肥，促进生长，提高产量与品质。