1.，简单的从字面上看，农科院是专门从事农业工作的，而中科院涉及自然科学领域更广烦，中国自古以来都是一个农业大国，但很多人都不喜欢农业，觉得搞农业没什么大的发展空间，充其量不就是一定学历的知识型农民，而中科院则不同，随便从中科院拉出一个人不是院士就是研究员什么的，多风光啊。
2，从国家重视程度上看，中科院代表这中国科研的最高水平，肩负着国民生计的重大责任，国家提出在2020年基本建成创新型国家，能不能建成创新型国家，很大程度上和人才有关，而中科院是顶尖人才聚集地，在创新方法发挥中流砥柱的作用，国家是相当重视中科院的发展。在看农业方面，虽然国家很重视“三农”问题，这些年在农业方面的投入也有所增加，但更发达国家对农业的投入真是杯水车薪，这很大程度上限制了农业发展，国家对农业的投入和重视程度是远远不够的。
3，从研究人员组成上看，中国科学院的出类拔萃的人被称为“院士”，是中国最牛的人了，而农科院的牛人最多称为学部委员会委员，中国科学院有员是百余人，而出生于农业领域的屈指可数，没有好的研究人员统筹大局是很难做出成果的，为什么中国农业落后，这很大程度上和人才有关。
4，从基础设施方面来看，中国的基础设备在国内甚至是国际上都是比较先进的，其实验空间都比较大，研究的东西自然比较先进。中国农科院和农业院校比基础设施还算可以，但与中科院比还是有差距的。
5，从学生的满意度上看，中科院和农科院都是具有招收研究生资格的单位，中科院的学生一般都是免费生，而农科院的硕士研究生没有公费的（博士研究生09年才提出全公费）；从学生待遇来看，中科院的硕士月补助一般在800元-1600元不等，而农科一般在600元-800元；中科院一般研究生是两人间的学生公寓，而农科院少则2人多则5人，而且有些所学生要住在阁楼上（阁楼上可谓是冬冷夏热）；中科院的老师一般都比较关系学生，而农科这方面则有很大的提升空间，一般中科院都有食堂，而农科院有些所则需要自己做饭，每天花在做饭上的时间至少2小时（以前导师提供餐具，现在有些导师不提供）；中科研一般分院里有图书馆（里面书的种类多），而农科院只有图书室（种类少，书都很旧）。
我写此篇文章只是对农科院与中科院的简单比较，希望大家对二者有一个初步的认识。