截至2018年5月，东北农业大学设有17个学院和1个教学部。现有3个国家重点学科，3个国家重点（培育）学科，2个农业部重点学科，2个省级重点学科群，10个省级一级重点学科，农业科学、植物学与动物学2个学科进入ESI国际学科排名前1%。学校是全国首批具有博士、硕士学位授予权的高等学校之一，现有10个博士学位授权一级学科点，22个硕士学位授权一级学科点；1个博士专业学位授权类别，10个硕士专业学位授权类别；10个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站；71个本科专业。
农学院：农学系、植物保护系、生物技术系。
工程学院：机械工程系、能源与动力系、工程技术基础部、管理科学与工程系。
电气与信息学院：电气工程系、计算机科学与技术系、电子信息工程系、软件工程系计算机基础教学部、电工电子教学部。
动物科学技术学院：动物营养与饲料科学系、动物遗传育种与繁殖系、水产养殖系、草业科学系。
动物医学学院：基础兽医系、预防兽医系、临床兽医系。
食品学院：畜产品加工系、农产品贮藏加工工程系、食品科学系。
生命科学学院(生命科学研究中心)：植物生物技术系、动物生物技术系、微生物与生物化工系、生物化学与分子生物学系。
成栋学院：艺术设计系、艺术与传播系、会计系、经济管理系、生物食品系、电子信息系、人文社科部、基础部、外语系。
园艺学院：风景园林系、园艺系、园林系、设施系。
资源与环境学院：环境科学系、应用微生物系、城镇规划系、土地资源管理系、农业资源管理系、生态科学系。
水利与建筑学院：农业水利工程系、水利水电工程系、土木工程系、工程管理系、水文与水资源工程系。
应用技术学院(职业技术学院)：农业教育与推广系。
文法学院：社会科学系、中文教研室、行政管理系、日语教研室、俄语系、英语系、人力资源管理系、旅游管理系、社会工作系、民商法教研室、基础法学教研室、经济法教研室、刑法教研室。
马克思主义学院：马克思主义基本原理教研部、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研部、中国近现代史纲要教研部 、思想道德修养与法律基础教研部。
理学院： 信息与计算科学系、生物物理系、应用化学系以及实验中心。
国际文化教育学院：对外汉语教研室。
艺术学院(艺术教育中心)：公共艺术系、视觉传达设计系、数字媒体艺术系、声乐系、器乐系。
研究生学院