农民种植中药材可是一个地方一种，各地都有自己的品牌或者影响力的中药材品种和种类，于是出现了大量的中药材合作社，也产生了一部分合作社和药厂签订意向协议的事情，这本来就是一个双赢的合作关系，但是也会存在很多问题。
第一个矛盾就是中药材种植户要的是产量，而药厂要的是质量，两者之间只有一个契合点才能发展起来。我们这里曾经有一个药厂和当地签订了丹参种植合同的时候。那个时候，丹参滴丸首次进入美国市场，因为丹参能提取有效的治疗药物成分，市场需求量非常大，但是一个问题就出现了。那就是药厂看中的是局部地区的高质量丹参，而种植区农民却将部分丹参种植在产量高的土壤，收购中药材的时候，这些丹参被检测出来有效成分含量低，要么拒绝收购，要么价格压的很低。如此一来就和当地农民产生了敌对情绪，部分种植基地就这样消失了。
第二个就是技术是否适应当地种植习惯的问题。在当地种植丹参，技术员要求少施氮肥，甚至于不准用氮肥，部分听话的种植户产量很低，经济效益一般，而有的种植户偷偷撒施氮肥，结果生长旺盛，而且根部产量很高，药厂在收购的时候只能硬着头皮收购，心里却非常不满意，最后只能放弃这些种植基地。
第三个应该是弄虚作假的问题。药厂规划了一定的种植区域，就必须按照原有的保护价收购，而有的种植户在市场价格低的时候，就暗地里收购大量的市场上的中药材，最终导致制成品数量少，因为缺失诚信，而被药厂拉入黑名单，该基地也就无法继续和药厂建立长期的供求关系了。
总结：中药材合作社其实承担了技术指导、种子、化肥、农药等投入品的供应或者监督、产品营销等，如果不进行有效的管理，该合作社就会出现各种各样的问题，最终导致合作社无法正常运营。所以，只有从一开始就指定严格的制度，用制度管理，用技术约束，用管理出效益，绝不是为了蝇头小利而丧失长期稳定的市场。