我国在药材生产较集中的产区具有适宜某些药用植物生长的自然环境条件，栽培的历史较长，有较传统和完善的栽培技术和加工技术，也就是有独具特色的传统生产习惯，药材的质量较好，形成了许多在国内外具有一定竞争优势的地道药材。但目前一些地区以经验或自认为合理的制订药用植物生产规程，而没有进行科学实验和研究，难以控制和保证药材质量；有的未经科学试验便开展大面积的药用植物种植，并以GAP规范种植进行宣传；更有借用中药现代化和中药材GAP达到宣传推销自己产品的目的。主要问题表现为：
（1）不适当的引种使许多药材不具备地道性 天然药物的来源和产地不同，其质量、疗效存在差异。地道药材的系统研究结果表明，不同产地的药材质量与其所含药效物质基础有密切的关系。传统上用“地道药材”来区分药用植物质量，这与天然药物强调原产地的概念是一致的，具有科学依据。人工种植的地道药材种质来源于野生药材，在人为控制下植物的生态条件发生变化，使植物逐渐发生变异代代遗传，使许多药用植物的遗传特性已部分或完全地不同于野生药材。例如东北著名的道地药材“关防风”，由于长期大面积的采挖，野生产量减少，但用量在不断增加，一些原来不生产防风的地区看到有利可图，便进行引种栽培，由于生态条件的变化，其新陈代谢类型也发生变化，使防风的药材质量大为降低。
（2）盲目扩大种植面积 一方面许多药材品种单靠采集野生资源已不能满足市场需求；另一方面农村正在进行产业调整，一些农民弃粮改种药材，使药材生产得到了较快的发展。盲目栽培造成生产过剩，不仅造成市场混乱，价格大幅度波动，而且严重影响药材产品的质量。而在众多药材品种中，价格的大起大落不是个别现象，常用大宗药材质量普遍下降。应当记取盲目扩大药材种植面积的历史和现实经验教训。此外，在按中药材GAP进行生产和基地建设时，也有片面追求数量和产量的倾向。很少考虑该基地是否适合种植这些药材，以及忽视对土壤和水质中重金属和农药残留量的检测。
（3）栽培生产技术和采收缺乏科学性 药用植物是在一定的生态自然条件下生长发育，并产生代谢物质，其田间生产技术是优质药材形成的重要条件之一。GAP生产应总结药农传统经验，使之理论化、科学化、系统化，再反过来指导药用植物的生产实践。药用植物体内有效成分的形成和积累，需要一定生长发育阶段或生长周期，如田间管理，特别是施肥。药材采收季节、方法及产地加工等都是影响药材质量的重要因素，如果不进行科学施肥、适时采收及合适的产地加工，势必导致药用植物质差效低。如甘草，种植二年采收，虽然外形达到了收购要求，但内在质量很难达到质量要求，甘草酸的含量很低，达不到药典规定的要求。
（4）病虫害种类多、为害重、损失大 由于药材品种多，且一种药用植物往往受到多种病虫危害，因此病虫种类繁多。例如枸杞栽培过程中受到十几种病虫害的侵害，若不采取防治措施就会颗粒无收；山茱萸蛀果蛾在河南西峡、陕西商洛地区一般虫果率为20%左右；山东平邑十年以上的金银花受蛀茎性被害率达60%以上；西洋参黑斑病在我国常年发病率20%～30%，是造成参根和种子大幅度减产的主要原因；人参锈腐病造成减产约30%，直接影响产量和商品价值；黑龙江的龙胆因受斑枯病为害，栽培面积逐年减少；甘草锈病是新疆甘草栽培过程中的一种毁灭性病害。病虫害的发生，导致滥施、乱用农药，导致中药材中农药和重金属残留超标，已严重制约着药用植物的大面积种植和规范化生产。