供销社和农业农村部两者互不隶属。但都是围绕三农开展工作的。农业农村部是国家行政机关，负责行政事务；供销社是集体所有制的经济实体。具体说：
农业农村部是国务院组成部门，为正部级。2018年3月根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案设立。
为坚持农业农村优先发展，统筹实施乡村振兴战略，推动农业全面升级、农村全面进步、农民全面发展，加快实现农业农村现代化，方案提出，将农业部的职责，以及国家发展和改革委员会、财政部、国土资源部、水利部的有关农业投资项目管理职责整合，组建农业农村部，作为国务院组成部门。将农业部的渔船检验和监督管理职责划入交通运输部。
主要职责是：
（一）统筹研究和组织实施“三农”工作的发展战略、中长期规划、重大政策。组织起草农业农村有关法律法规草案，制定部门规章，指导农业综合执法。参与涉农的财税、价格、收储、金融保险、进出口等政策制定。
（二）统筹推动发展农村社会事业、农村公共服务、农村文化、农村基础设施和乡村治理。牵头组织改善农村人居环境。指导农村精神文明和优秀农耕文化建设。指导农业行业安全生产工作。
（三）拟订深化农村经济体制改革和巩固完善农村基本经营制度的政策。负责农民承包地、农村宅基地改革和管理有关工作。负责农村集体产权制度改革，指导农村集体经济组织发展和集体资产管理工作。指导农民合作经济组织、农业社会化服务体系、新型农业经营主体建设与发展。
（四）指导乡村特色产业、农产品加工业、休闲农业和乡镇企业发展工作。提出促进大宗农产品流通的建议，培育、保护农业品牌。发布农业农村经济信息，监测分析农业农村经济运行。承担农业统计和农业农村信息化有关工作。
（五）负责种植业、畜牧业、渔业、农垦、农业机械化等农业各产业的监督管理。指导粮食等农产品生产。组织构建现代农业产业体系、生产体系、经营体系，指导农业标准化生产。负责双多边渔业谈判和履约工作。负责远洋渔业管理和渔政渔港监督管理。
（六）负责农产品质量安全监督管理。组织开展农产品质量安全监测、追溯、风险评估。提出技术性贸易措施建议。参与制定农产品质量安全国家标准并会同有关部门组织实施。指导农业检验检测体系建设。
（七）组织农业资源区划工作。指导农用地、渔业水域以及农业生物物种资源的保护与管理，负责水生野生动植物保护、耕地及永久基本农田质量保护工作。指导农产品产地环境管理和农业清洁生产。指导设施农业、生态循环农业、节水农业发展以及农村可再生能源综合开发利用、农业生物质产业发展。牵头管理外来物种。
（八）负责有关农业生产资料和农业投入品的监督管理。组织农业生产资料市场体系建设，拟订有关农业生产资料国家标准并监督实施。制定兽药质量、兽药残留限量和残留检测方法国家标准并按规定发布。组织兽医医政、兽药药政药检工作，负责执业兽医和畜禽屠宰行业管理。
（九）负责农业防灾减灾、农作物重大病虫害防治工作。指导动植物防疫检疫体系建设，组织、监督国内动植物防疫检疫工作，发布疫情并组织扑灭。
（十）负责农业投资管理。提出农业投融资体制机制改革建议。编制中央投资安排的农业投资项目建设规划，提出农业投资规模和方向、扶持农业农村发展财政项目的建议，按国务院规定权限审批农业投资项目，负责农业投资项目资金安排和监督管理。
供销社是中华全国供销合作总社的简称，是全国供销合作社的联合组织，由中华人民共和国国务院领导。
中华全国供销合作总社的主要负责研究制订全国供销合作社的发展战略和发展规划，指导全国供销合作社的发展和改革；按照政府授权对重要农业生产资料、农副产品经营进行组织、协调、管理；维护各级供销合作社的合法权益；协调同有关部门的关系，指导全国供销合作社的业务活动，促进城乡物资交流；宣传贯彻党中央、国务院有关农村经济工作的方针政策；代表中国合作社参与国际合作社联盟的各项活动；承办党中央、国务院交办的其他事项。
根据2018年11月该合作社官网信息显示，中华全国供销合作总社设立理事会、监事会，理事会内设机构14个，监事会内设机构1个，下辖15个直属事业单位、15家主管社团和中国供销集团，中国供销集团管理有全资和控股子公司16家。