农药和化肥都会导致土壤污染，要科学合理使用化肥农药才能提高产量。
化肥都是由各种不同的盐类组成，所以长期和大量施用这些由盐类组成的肥料，当肥料进入土壤后，就会增加土壤溶液的浓度而产生不同大小的渗透压，作物根细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致作物受害。典型的例子就是作物“烧苗”
农药大量施用后，造成农药残留或深入地下水，对水源也造成污染。近几年大蒜价格低就是因为农药残留超标，国外收购商取消收购，导致的。我们自己食用的也可能检验不合格，只是国内民众的觉悟没有那么高，再就是自己化验的成本太高。
农药和化肥会导致土壤污染。中国化肥的使用量全球第一，过量的化肥导致农业生产的生态要素品质下降，这就是症结所在。我国农药使用量达130万吨，是世界平均水平的2.5倍。在中国，农药和化肥的实际利用率不到30%，其余70%以上都散落至土壤中，造成了环境污染。污染的加剧导致土壤中的有益菌大量减少，土壤质量下降，自净能力减弱，影响农作物的产量与品质，危害人体健康，甚至出现环境报复风险。
为了防止污染，应该合理的使用农药和化肥，并增加使用有机肥料
1.合理使用农药，这不仅可以减少对土壤的污染，还能经济有效地消灭病、虫、草害，发挥农药的积极效能。在生产中，不仅要控制化学农药的用量、使用范围、喷施次数和喷施时间，提高喷洒技术，还要改进农药剂型，严格限制剧毒、高残留农药的使用，重视低毒、低残留农药的开发与生产。
2.根据土壤的特性、气候状况和农作物生长发育特点，配方施肥，严格控制有毒化肥的使用范围和用量。
3.增施有机肥，提高土壤有机质含量，可增强土壤胶体对重金属和农药的吸附能力。如褐腐酸能吸收和溶解三氯杂苯除草剂及某些农药，腐殖质能促进镉的沉淀等。同时，增加有机肥还可以改善土壤微生物的流动条件，加速生物降解过程。
如果科学合理使用农药，农村使用农药时应注意以下几点：
① 把握最佳用药时机 绝大多数病虫害在发病初期，症状很轻，防治效果好，错过最佳用药时期，防治效果不好。
② 把握好农药使用浓度 在农药有效浓度内，效果好坏取决于药液的覆盖度，如喷施土壤封闭除草剂时，土壤墒情差，必须加大对水量，以便形成封闭膜，否则药液只呈点状分布，达不到封闭除草的效果。在喷施杀虫、杀菌剂时，充足的用水量也十分必要，因为虫卵、病菌多集中于叶背面、邻近根系的土壤中，如果施药时用水量少，就很难做到整株喷透，死角中的残卵、残菌很容易再次暴发。如果一味加大农药使用浓度会强化病菌、害虫的耐药性，超过安全浓度还会发生药害。因此，单纯提高药液浓度，往往适得其反。
③ 注意轮换用药 长期单一使用某种农药易产生抗药性，降低防治效果，因此应轮换使用不同种类的农药。
④ 严格遵守安全间隔期规定 最后一次喷药到作物收获的时间应比标签上规定的安全间隔期长。
⑤ 五看选购农药 选购农药前应当仔细阅读农药标签：一看名称，注意有效成分名称、含量及剂型是否清晰。二看三证，即农药登记证号、产品标准号、生产批治对象选择与标签标注一致的农药。四看净含量、生产日期及有效期。标签上应标注净含量、有效期、生产日期(批号)。五看标签和外观。农药标签标注内容应完整。
⑥ 合理配制农药 针对不同的防治对象选用合适的农药品种，根据施药面积和标签上推荐的使用剂量计算用药量。然后采用二次稀释法配制药液：先将药液倒在小容器内加少量水摇匀配成母液，再将母液稀释至所需浓度。配制农药时应远离住宅区、牧畜栏和水源。药剂随配随用。已配好的药液应尽可能采取密封施药的方法，当天配好的药液当天用完，开袋后余下的农药应封闭在原袋中安全贮存，不能转移到其他包装中。
根据作物种类不同、安全程度要求不同，对某些农药的使用范围进行进一步的限制。
(1)遵循农药安全间隔期。安全间隔期时指最后一次施药至收获、使用作物前的时间，也就是自喷药后到残留量降至最大允许残留量时所需的时间。
（2）安全防护措施。施用农药的人员必须做好安全防护措施，防止施药人员中毒。废弃和过期的农药剩余的药液和施药器械的清洗液、空容器等，应集中安全处理。
(3)减少用药。通过耕作措施，能消灭部分病虫，造成不利于病虫发生的条件，同时提高作物抗病虫的能力。如进行田园清洁，处理病残体，减少病虫的来源；合理密植，增加田间的通风透光，及时排除渍水，降低田间的湿度；科学配方施肥，使农作物健壮生长，提高其抗病虫能力。