当前我国药用植物开发利用还存在的诸多问题，阻碍了我国药用植物的保护和进一步开发利用，这些问题主要有：
1、过度采挖，保护力度不够，导致资源量不断减少，有些物种已濒临灭绝；
2、野生药用植物的引种驯化，大面积人工栽培工作有待加强；
3、药用植物基础科研、教育和从业人员的数量、质量有待提高；
4、、对药用植物种资源的收集研究工作做得不多，主要集中在人参、玄参、红花、地黄、枸杞等药用植物的品种资源作了一些研究，筛选了一些优良类型，培育了一些优良类型，而对野生药用植物资源的收集保存，特别珍稀濒危药用植物的收集保存工作相对滞后；
5、对一些未列入国家、地方标准，但又在民间，特别是少数民族地区长期入药的植物未进行充分挖掘、整理，缺乏一些基础性研究工作；
6、对一些目前未知药用价值，甚至可能是未知的植物种类需要进行保存研究，以不断扩大药源。
