1.农村公共保障不足限制了农民积极性发挥。相对于农村经济的发展,国家对于城市投入了更多的投资,而且一度以农产品和工业产品的剪刀差价格,转移农民创造的价值,推动工业经济发展,使得农村公共物品供给缺乏,进而导致了农村商品经济和工业经济的发展差距,公共物品的不足还体现在对农民培训、医疗保障和社会福利等多个方面。如果这些问题不解决,农村经济的发展就会受到制约。
2.农民自利空间在缩小。农民的土地在被工业化剥夺,农民拥有的土地已经无法让他们展示自己的积极性。
3.户籍制度限制了农民的发展空间。如果农民没有农村空间,那么就必须要向城市空间拓展,而向城市拓展中,城市并没有给农民提供足够的空间发展,一是户籍制度增加了农民的就业成本;二是城市中各种机构收费严重束缚了农村劳动力向城市转移的步伐;三是很多中小企业得不到发展,而农民不可能直接到微软这样企业工作,必须以服务行业、中小企业就业为主。
4.农业对生产的投入严重不足，农村投资出现的问题，一方面是受到资金的限制，另一方面投资动力相对缺乏、缺乏优越的投资“技术”，投资引诱也严重不足。过度安逸的农村生活使得农民缺乏生存和竞争的压力，从而导致其抗风险能力不高，因此农民通过投资来进行改善生活和生产条件的动力相对缺乏。
5.农村集体经济薄弱，现今在我国，还存在着相当大比例的薄弱村集体经济，相对落后的农业基础设施，这些不足严重阻碍了高速发展的农村经济，农村基础设施的滞后严重阻碍了农村经济的快速发展。同时,由于集体经济薄弱，使党支部缺乏履行领导职能，缺少为群众提供多种服务的能力，群众的生产和生活得不到更好地服务，因此他们的凝聚力、号召力、战斗力就很难得到有效的发挥，给社会带来了很多不安定因素，从而导致农村经济不能持续、稳定、全面发展。
6.农产品质量跟不上，随着我国农村经济的不断发展，农产品供给出现了结构性、地区性和阶段性的过剩。我国农产品产量增长趋势过快，但是由于农业科技发展滞后，人均资源匮乏，导致产品质量没有跟上，一直处于较低水平，导致大量产品处于积压状态。随着我国市场经济的快速发展，农产品的质量提高迫在眉睫，但我国对农业的科技投资存在着严重不足，导致农业技术进步受阻，从而影响了我国农业经济的发展。
7.科技因素：农业技术创新是农业结构优化升级、农产品优质化发展的动力。农业科技含量很低是我国的现状，农产品质量不高使我国农业与其它产业之间与世界农业之间的差距越来越大，缺乏强有力的科技支撑对农业经济发展和农业经济结构调整具有很大的影响。重要问题之一是提高农业产品的科技含量，大力提高农产品的质量。
8.管理因素：获取资源能力较弱、自身发展能力不足和利益低，表现农业是一个的弱势产业，因此其农业的发展和转变需要各方面特别是政府的支持。我国工业发展已经到达一定阶段，解决了我国农业增长方式由粗放型向集约型转变面临的资金投入不足的问题。不同的经济体制是在不同经济发展模式下产生的，而不同的经济体制又会孕育出不同的经济运行机制，这就对分工协调机制产生影响进而影响经济效率。