主要区别是，性质不同、特点不同、形成过程不同，具体如下：
一、性质不同
1、平行不整合
在沉积过程中，受到剥蚀，沉积作用间断，后来又下沉继续沉积，故其间缺失部分地层。因上、下两套地层相互平行，其间存在一个假整合面。这种接触关系称为假整合或平行不整合。
2、角度不整合
当下伏地层形成以后，由于受到地壳运动而产生褶皱、断裂、弯曲作用、岩浆侵入等造成地壳上升，遭受风化剥蚀。当地壳再次下沉接受沉积后，形成上覆的新时代地层。上覆新地层和下伏老地层产状完全不同，其间有明显的地层缺失和风化剥蚀现象。这种接触关系叫角度不整合接触。
二、特点不同
1、平行不整合
下两套地层的产状基本保持平行，但两套地层的时代不连续，其间有的剥蚀面存在。
2、角度不整合
上、下两套地层的产状不一致以一定的角度相交，两套地层的时代不连续，两者之间有代表长期风化剥蚀与沉积间断的剥蚀面存在。
三、形成过程不同
1、平行不整合
①、在地壳稳定下降或升降运动不显著的情况下，在一定的沉积环境中沉积了一套或多套沉积岩层。
②、地壳发生显著上升，原来的沉积环境变为陆上剥蚀环境，经长期的风化剥蚀后，地面上形成了凹凸不平的剥蚀面，剥蚀面上分布有古风化壳及铝土矿、褐铁矿等风化残积矿产。
③、地壳重新下降到水面以下接受沉积，形成新的上覆沉积岩层（其底部由于开始沉积的地形差异较大而常形成底砾岩），由于地壳基本上是整体上升和下降的，故上、下两套地层的产状基本保持平行。
2、角度不整合
①、在地壳稳定下降或升降运动不显著的情况下，在沉积盆地中形成一定厚度的原始水平沉积岩层。
②、地壳发生水平挤压运动，使岩层产生褶皱、断裂等变形，岩层伴随着水平方向上缩短的同时，在垂直方向上则不断上升，并到达陆上的一定高度或成为山地，在此过程中还可能伴有岩浆作用与变质作用发生。
③、在陆上环境下，变形的地层遭受长期的风化剥蚀，形成凹凸不平的剥蚀面，同时在剥蚀面上形成古风化壳、残积矿产等。
④、地壳重新下降到水下沉积环境，在剥蚀面上又形成了新的原始水平沉积岩层（其底部常有底砾岩），新形成的地层与不整合面大致平行，但与不整合面以下的地层以一定的角度相交。