农业合作社水稻种植是免征增值税的，但将水稻加工成大米则不免增值税，小规模纳税人需要按不含税销售额的3%缴纳增值税，不需要缴纳营业税。此外，农业合作社种植水稻并加工大米的所得免征企业所得税。 《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(2009年1月1日起施行)规定：农业生产单位和个人销售自产的初级农产品可以免征增值税，包括种植业、养殖业、林业、牧业和水产业。 第八十六条 企业所得税法第二十七条第（一）项规定的企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税，是指： （一）企业从事下列项目的所得，免征企业所得税： 1．蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植； 2．农作物新品种的选育； 3．中药材的种植； 4．林木的培育和种植； 5．牲畜、家禽的饲养； 6．林产品的采集； 7．灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；
