有机豆芽在生产过程中属于无土栽培的一种，而无土栽培强调的就是水。而水中的矿物质含量，决定了生豆芽的成败。水质洁净、矿物质含量高，生出来的豆芽质量高。有机豆芽生产使用天然矿泉水、选用优质豆、不用化肥、不用除草剂、不用杀菌剂、严格消毒。
1、场地选择
培育有机豆芽的场地应选择通风、气流稳定、光线阴暗、保温性能较好的地方，室温保持在22～25℃。
2、生产用具
盛水和洗豆芽的大缸、浸泡豆芽的小缸、淋水壶、捞豆种的铁笊篱、温度计、盖容器的蒲包、天然矿泉水等。培育豆芽的用具要干净，用前要开水煮烫消毒。
3、生产过程
（1）选豆
选发芽率高、发芽势强、粒大粒饱的新豆种。去掉碎豆、裂豆、虫口豆、嫩子豆、隔年豆和贮藏时受热的走油豆及其杂物，否则，在生产过程中会发霉腐烂。
（2）消毒。把选好的豆倒进缸里，倒入55℃的温水进行温汤烫种10～15分钟，不断进行搅拌，同时用铁笊篱不断旋围缸里的水和豆种，把漂浮上来的坏豆子等杂物捞去，打捞直到干净。温度降至30℃，开始泡豆。
（3）泡豆
冬季泡4小时，其他季节泡2小时。浸泡的缸口用盖子或干净的麻包盖好，每0.5小时翻动1次，让豆种吸足水分。泡好的豆子倒进预先高温消毒的缸里，缸的底部漏水孔安装成自来水龙头式，漏水孔处加盖过滤网，既不漏豆种又能顺利滴水为宜。
（4）淘洗
因为豆种的发芽势不同，容器内豆芽在不同位置上的水、光、气、热均有差别，发芽速度不可能一致，经过几次淘洗后，基本可以改变容器上口芽长，四周和底层芽短的情况。所以，前2天每天在缸里淘洗1次，力求发芽均匀整齐。
具体操作方法：向缸里注入23～24℃温水，水溢过豆芽就停，用手上下搅动拌均，1天只能洗1次，洗过后，打开缸底部的水龙头，放掉洗豆水。到第3天早上“坐缸”，即把豆种抹平、抹匀。黄豆装高22～24厘米，绿豆装高8～10厘米，基余的豆种另外装缸（坐缸）培育生产。不能装得过多或过少。如果装多了容器底层豆子因受较大的压力出现生长缓慢或不长；装少了豆芽生长压力小，生长过快，豆芽又细又长，影响产量和质量。
（5）淋水
这是生产好豆芽的关键一环。豆子“坐缸”后要进行淋水。豆子虽然在成熟收获后有一段休眠期，但仍在进行呼吸。这种现象在发芽时显得格外旺盛。如果不及时把它呼吸所产生的热量散发掉，豆芽就会腐烂变质发出酸臭的气味。淋水的次数和多少，要根据季节气候变化而增减。夏季气温高，一般4小时淋1次，1次淋2遍；春、秋两季气候温和，适宜豆芽生长，可5小时淋1次；冬季天气寒冷，豆芽生长缓慢，室内要加温，有条件的地方，室内温度要保持在22～25℃，淋水将从 数每6小时淋1次，1次淋1遍。但要用温水淋，淋水前要用温度计测量水温，要掌握好水温，不要有忽高忽低。水温过高，会使豆芽生长加快，热量来不及散发掉，豆芽中间部分会变红腐烂；水温过低，豆芽生长缓慢，出现弯曲状，生长期偏长。淋水用喷壶，像浇花一样，将水洒匀，不能乱冲、乱倒，影响豆芽生长。
（6）出缸及消毒杀菌
整个生产过程7天就可以出缸了。出缸时要进行淘洗去皮，然后就可以上市。豆牙出缸后，每个缸要用热水消毒。