1、pH下降：
雨后池塘养殖水体的pH值往往会降低，其原因主要是：
由于工农业的污染的存在和增加，往往会出现酸雨，造成养殖水体pH值降低；
暴雨后，地下淡水水位升高，酸性的地下水渗入池塘，造成虾塘pH剧烈降低。
养殖水体的pH值剧烈变化，会引起对虾应激。如，pH值下降，对虾携氧能力也下降，造成对虾体内亚缺氧，影响动物健康与生长，长时间处于亚健康状态，会易感疾病，或生长受阻。
2、弧菌增加：
我们必须知道，弧菌其实是“条件致病菌”。也就是说，弧菌是养殖水体中的一种常在菌，无论你采取什么措施，在开放的池塘中，要“完全清除”弧菌，是不可能的。但弧菌是在一定条件下，弧菌数量得以快速、大量繁殖，在养殖水体中达到一定的浓度以上，才可以致病。例如，
养殖水体温度剧烈变化，会出现利于弧菌等条件致病菌的繁殖；
倒藻，藻类分泌的弧菌等致病菌抑制物减少或消失；
养殖水体内菌相失衡，有益菌数量剧减，弧菌等致病菌竞争性抑制菌减少，......等等。
以上条件出现，都会诱导弧菌等条件致病菌快速、大量繁殖，达到致病浓度。暴雨或连续阴雨天，都会引起养殖水体中的藻相、菌相、水质、底质的物理和化学变化，造成有利于弧菌等形成菌群优势的条件，进而引发疾病。
3、突然倒藻：
阴雨连绵，容易引起养殖水体内藻类变化，如甲藻类增加，形成不利于白对虾的水体环境；
台风暴雨，不良气候因素，容易引起藻类大量死亡（倒藻），导致池水变清。倒藻所带来的藻毒素中毒、养殖水体中缺氧、清水塘环境等等，都会造成不利于白对虾生长的环境，甚至引起浮头、偷死等。
例如，雨后容易发生的倒藻，引起底部青苔滋生。由于青苔光合作用较强，强烈吸收水中的营养盐，限制了其它浮游藻类的生长，使得养殖水体“瘦”而不易“肥”。池塘养殖水体清澈见底，不利于虾的栖息。
雨天本身就光合作用弱，养殖水体内容易缺氧。倒藻的发生，使光合作用更少，虽然雨水会带来一些溶氧，但养殖水体整体上比晴天更缺氧。
4、盐度变化：
暴雨或连续大雨，会引起养殖水体的盐度变化，特别是大量周边淡水的流入，使池塘内养殖水体的盐度被稀释的变化更快。在有一定盐度的池塘中，如果盐度变化很大，则对南美白对虾的水环境渗透压造成剧烈变化，白对虾的应激会非常大。特别容易引起应激性脱壳和脱壳不遂，大量偷死。